Der er mange forskellige sygdomsfremkaldende bakterier og vira, der ikke kan holdes ude af besætningen, da de forekommer naturligt blandt dyrene - f.eks. E.coli, Salmonella og C. perfringens (tarmbrand).

Der findes overordnet tre måder at overføre smitte på

• Direkte kontakt

• Luft/støv/mikrodråber

• Gødning/forurenet materiale

En række tarm- og colibakterier overføres via gødningskontakt til dyrene. Det gælder infektioner som dysenteri, E. coli og Salmonella. Smitteoverførslen sker dels ved, at grise sættes ind i stier, der er forurenet med gødning og dels ved, at der overføres gødning fra inficerede staldafsnit til ikke-inficerede staldafsnit via støvler og redskaber.

Hvis der ikke er kontakt mellem stierne, optræder gødningsbårne infektioner hyppigst stivis. Nogle luftvejsinfektioner kan også overføres via gødning. Det gælder f.eks. PRRS-virus, der udskilles i betydelige mængder i gødningen.

Luftvejsinfektioner er oftest luftbårne. Der er imidlertid forskel på, hvor langt de enkelte luftvejsinfektioner kan bæres med vinden. Virusinfektioner, som f.eks. PRRS og influenza (svineinfluenza), kan bæres med vinden op til 10 km og eventuelt længere under de rette forhold.

Luftvejsinfektioner, som skyldes bakterier, er også luftbårne. Men da bakterier er større og tungere end vira, bæres de ikke lige så langt – op til nogle hundrede meter.

Det er et lovmæssigt krav i "Bek. Nr. 991 af 25/05/2021 Bekendtgørelse om sundhedsrådgivningsaftaler for svinebesætninger", at besætninger over 300 søer, gylte eller orner, 3000 slagtegrise eller 6000 smågrise skal have en smittebeskyttelsesplan, som også skal indeholde en zoonotisk smittebeskyttelsesplan.

Smittebeskyttelsesplanen skal underskrives af den praktiserende dyrlæge samt godkendes af Fødevarestyrelsen.